自建厂房购进工程物质，劳务等取得的进项税额，用于企业生产经营等应税项目的，取得合规抵扣凭证，准予抵扣，专用于简易计税项目、免税项目等不得抵扣进项税额的特殊情形，则进项税额不得抵扣，已经抵扣的需要做进项税额转出处理，进项税额需要计入资产成本。

纳税人自建厂房，购进钢筋水泥等工程物质，购进劳务以及设计服务等取得增值税专用发票等合规抵扣凭证，且建成的厂房满足用于生产经营等应税项目的，其进项税额准予抵扣。

根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）规定，用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产取得的进项税额不得从销项税额中扣除。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产（不包括其他权益性无形资产）、不动产。

企业自建厂房的目的一般为生产经营所需，厂房一般不会作为员工宿舍等用于集体福利，或则其他个人消费行为。若企业自建厂房用于以下项目，其进项税额不得抵扣，一是专用于生产简易计税项目，二是专用于免税项目。一般纳税人一般情况下计税方式为一般计税方法，应纳增值税税额为销项税额与进项税额的差额，某些明确规定的特殊应税项目，可以选择简易计税方法，应纳增值税税额为不含税销售额与适用征收率的乘积。比如以自己采掘的砂、土、石料或其他矿物连续生产砖、瓦、石灰可以选择简易计税方法。

若纳税人自建厂房专用于简易计税项目，或免税项目，则其自建厂房取得的进项税额不得抵扣增值税，若非兼用，比如即用于生产免税项目或简易计税项目，同时也用于生产采用一般计税的应税项目，则其进项税额依然可以抵扣。

实务中，经常有些企业用自建、购入或租入的不动产，几层用于员工宿舍，几层用于日常办公，这种操作即是利用“兼用”，而非“专用”。这种兼用行为，其取得的进项税额就可以抵扣增值税，若专用于集体福利、个人消费、简易计税项目或免税项目，其进项税额则不得抵扣。